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制药废水中大多数成分属于极易挥发性物质，扩散到大气中，使空气中的化学物质浓度超过环境本底值，引起大气污染，并可能造成动物和人类感染呼吸类疾病。制药废水中含有难降解有机污染物如有机氯化物、高分子聚合物等，这些污染物大多具有较强的毒性和致癌、致畸、致突变作用，如果不经过处理或者处理不当，排放水体后能长时间停留在水体中，通过食物链不断积累、富集，最终进入动物或人体内，对动物和人类的健康构成很大的威肋。
化学处理技术
(1)Fenton试剂法。Fenton试剂是一种强氧化剂，在去除废水中有机污染物过程中，具有效果好，操作简便等优点。在废水处理中Fenton试剂常于与混凝沉淀结合处理毒性大、一般氧化剂难氧化和生物难降解的废水。影响Fenton试剂法效果的因素有，pH值、H2O2和Fe2+投加量以及反应时间。由于不同种类的制药废水，其处理条件亦不同。因此，在应用Fenton试剂处理制药废水时，应先找到最佳反应条件，再进行处理。
(2)高级氧化技术。高级氧化技术(AOPs)是通过一定氧化反应产生具有强氧化性的羟基自由基，在高温高压、电、催化剂等条件下，通过·OH与废水中有机污染物产生反应，使废水中大分子有机物降解为小分子有机物或者直接降解为CO2和H2O，使有毒有机物氧化成低毒或者无毒有机物的工艺过程。由于其氧化能力强、反应迅速、适用范围广等优点，且能够降低废水毒性和提高废水的可生化性，AOPs己被广泛研究和应用于各种难处理工业废水中。但就现阶段来说，高级氧化技术处理废水的成本较高，一般只用于制药废水预处理阶段。
生化处理技术
(1)普通活性污泥法。普通活性污泥法作为一种现阶段在中国发展的较为成熟的制药废水处理技术，其预处理的过程得到重视，曝气的方法得到完善，大大提升了装置运行的稳定性。但这种方法需要进行大量的稀释作业，并且容易出现污泥膨胀等问题，去除效果也不太理想，因此，要做进一步处理。
(2)SBR法。SBR法通常应用在间歇性排放的制药废水且水质水量波动较大的处理工作中，其不但能够较好的均化水质，同时还具有污泥活性高、运行稳定、操作简单、无需污泥回流以及抗冲击性强等优点。但其也有污泥沉降、泥水分离时间较长等缺点。目前，SBR法己经广泛应用到了庆大霉素、四环素以及磺胺混合废水等制药废水处理工作中，并且取得了良好的效果。
(3)上流式厌氧污泥床法(UASB法)。该技术具有结构简单、水力停留时间短、厌氧消化效率高、无需另设污泥回流装置等优点。但是缺点也很明显，UASB在运行过程中，对管理技术的要求较高，且启动驯化困难。
